Devenu évêque en 1602 d'un diocèse qu'il administre tout en résidant à Annecy et dont la moitié de la population est calviniste, il se soucie moins de développer des controverses avec celle-ci que de promouvoir le renouveau spirituel des catholiques dans l'esprit de ce qu'on a appelé la Contre-Réforme : formation du clergé, rénovation des monastères, prédication. Il excelle personnellement dans la direction spirituelle, notamment auprès de Jeanne de Chantal, avec laquelle il fondera l'ordre féminin de la Visitation. La spiritualité à la fois souriante et exigeante de cet évêque humaniste s'exprime dans des ouvrages qui marqueront la piété catholique en France et s'imposeront par leur finesse et leur qualité littéraire : Introduction à la vie dévote (1609), Traité de l'amour de Dieu (1616), Entretiens spirituels (publiés en 1629).
