En 843, le traité de Verdun donne la région à la Lotharingie, annexée en 879 au royaume de Bourgogne. Érigée en comté de Bourgogne (XIe s.), elle devient terre du Saint Empire puis est rattachée au duché de Bourgogne (1384). Elle est, dès la fin du XVe s., disputée entre la France et le Saint Empire. En 1556, la Franche-Comté passe aux Habsbourg d'Espagne. Elle est cédée à la France par le traité de Nimègue (1678).