Sorti du lac Victoria (sous le nom de Nil Victoria), où s'est jetée sa branche mère, la Kagera, le Nil s'écoule vers le nord. Traversant les lacs Kioga et Albert, il prend le nom de Nil Blanc (Bahr el-Abiad) au sortir de la cuvette marécageuse du Soudan méridional. À Khartoum, le Nil reçoit le Nil Bleu (Bahr el-Azrak), puis, en aval, l'Atbara. Il traverse ensuite la Nubie et l'Égypte, atteint Le Caire, où commence le delta sur la Méditerranée. Le haut barrage d'Assouan régularise son cours inférieur et crée en amont un vaste lac artificiel, long de 500 km (en partie au Soudan), qui a permis d'étendre une irrigation utilisant, depuis l'Antiquité, les crues estivales.
