Jésuite qui enseigna à Coimbra, Évora et Madrid, il devint célèbre par les vives controverses que suscita son ouvrage intitulé Accord du libre arbitre avec le don de la grâce, la Prescience divine, la Providence, la prédestination et la réprobation (1588). Les thèses molinistes parurent entachées d'un certain pélagianisme et se virent reprocher, surtout par les théologiens dominicains, de minimiser l'efficacité de la grâce divine.