Chef du parti protestant dès l'âge de seize ans, il devient roi de Navarre à la mort de sa mère et épouse en 1572 Marguerite de Valois, fille d'Henri II et de Catherine de Médicis. Il échappe au massacre de la Saint-Barthélemy (24 août 1572) en abjurant le protestantisme. Après s'être échappé de la cour des Valois, il revient au calvinisme (1576) et reprend la tête du parti protestant. En 1584, le roi Henri III n'ayant pas d'enfant et son frère, le duc d'Anjou, dernier héritier en ligne directe, venant de mourir, Henri de Navarre devient l'héritier présomptif de la Couronne de France, en tant que chef de la maison de Bourbon et cousin au 21e degré d'Henri II. Mais la Ligue, conduite par le duc de Guise, lui oppose le cardinal de Bourbon. Allié aux puissances protestantes européennes (1584), il prend les armes contre les ligueurs et se rapproche d'Henri III qui assiège Paris avec lui et le reconnaît comme son successeur légitime à sa mort (août 1589).
Devenu roi de France, il poursuit la lutte contre les ligueurs, qu'il bat à Arques (1589) et à Ivry (mars 1590), mais échoue devant Paris (août 1590). Il abjure définitivement le protestantisme (juill. 1593), ce qui lui permet d'entrer dans Paris en 1594. La paix intérieure est scellée par l'édit de Nantes (13 avr. 1598), qui accorde aux protestants un statut de tolérance et met fin aux guerres de Religion. Le réalisme politique d'Henri IV le pousse à donner également des gages aux catholiques : il épouse Marie de Médicis (1600) et rappelle les jésuites (1603).
Le règne d'Henri IV est une étape décisive dans l'instauration de l'absolutisme. La haute noblesse est écartée du pouvoir et ses complots sont sévèrement réprimés. Le relèvement économique et financier est par ailleurs une tâche prioritaire du souverain. Une fois la paix revenue, Sully, principal ministre du roi, parvient à équilibrer le budget (1601-1610) et à constituer des réserves. La production agricole s'améliore grâce aux techniques préconisées par Olivier de Serres. Sous l'influence de Barthélemy de Laffemas, Henri IV prend des mesures protectionnistes, fonde des manufactures (dont celle des Gobelins) et perfectionne les voies de communication.
À l'extérieur, Henri IV jette les bases de la Nouvelle-France au Canada en soutenant Champlain, qui fonde Québec en 1608. Une courte guerre contre la Savoie lui permet de renforcer la frontière à l'Est. Voulant abaisser les Habsbourg, il s'allie aux princes protestants (1608) et prépare la guerre contre l'Autriche et l'Espagne catholiques. La perspective de cette guerre explique son assassinat par Ravaillac (mai 1610), probablement poussé par d'anciens ligueurs.
Fondateur de la dynastie des Bourbons, Henri IV a réussi à ramener la paix religieuse, rétablir l'autorité monarchique et assurer l'essor économique d'un pays ruiné par plus de trente années de guerres de Religion.