Les vallées de la Saône et du Doubs entaillent un relief formé, à l'est, par le plateau de Langres et le massif du Morvan, à l'ouest par le Jura, le bas pays comtois et la porte d'Alsace et, plus au sud, la Bresse. La vallée de la Saône, grand axe de circulation nord-sud, est la principale zone économique de la Région avec son célèbre vignoble (Côte-d'Or). Tandis que l'Ouest est dominé par la production de viande bovine (Charolais, Nivernais, Auxois), l'Est, plus industriel et en difficulté, est connu pour la construction automobile (Sochaux et Montbéliard), la construction ferroviaire (Belfort), l'horlogerie et la mécanique de précision (Besançon) et le pôle de recherche et d'innovation dans la Plastics Vallée, près d'Oyonnax. De fait, l'urbanisation est réduite et Dijon et Besançon ne rayonnent que très peu sur l'ensemble de la Région : limitées dans leur influence par le poids qu'exercent Paris et Lyon ainsi que par la proximité de Bâle (Suisse), elles peinent à s'imposer comme les deux grandes agglomérations régionales. La Bourgogne-Franche-Comté reste donc une région de passage, d'autant que les communications (autoroutes et TGV) entre la capitale et Lyon s'améliorent, rendant de plus en plus hypothétique une unification régionale.
