Outre le fait qu'il implique un jugement de valeur forcément discutable sur les caractères à favoriser et ceux à éliminer, l'eugénisme se heurte à la complexité de la transmission héréditaire des caractères physiques et mentaux, qui rend contestables ses fondements scientifiques et l'efficacité potentielle de ses méthodes. Apparu à la fin du XIX^es., l'eugénisme a inspiré les pires formes de répression et de discrimination, partic. dans l'Allemagne nazie. Les progrès des biotechnologies ont réactualisé la question du risque de l'eugénisme, en soulevant des débats éthiques autour, notamm., de l'usage du diagnostic prénatal (qui permet de dépister des anomalies génétiques chez le fœtus pendant la grossesse) et du diagnostic préimplantatoire (qui permet, dans le cadre de la fécondation in vitro, d'éliminer les embryons porteurs d'une maladie génétique).