Il a traité des sujets religieux ou populaires avec un symbolisme étrange et une imagination hors de pair, que sert une haute qualité picturale : la Nef des fous (Louvre) ; la Tentation de saint Antoine (Lisbonne) ; le triptyque du Jardin des délices (titre qui lui a été donné au XIXe s. [Prado]). Cette dernière œuvre est la plus célèbre et l'une des plus énigmatiques, avec ses visions fabuleuses, son foisonnement d'êtres hybrides, de scènes où l'invention débridée côtoie le fantasme, où la satire bascule soudain dans le démoniaque ; à la limite de la science-fiction et de l'érotisme, son panneau central décrit les « Délices terrestres ».