Il fut assimilé, au Moyen Empire, à Rê, le dieu d'Héliopolis, qui est l'incarnation du Soleil. Le culte d'Amon-Rê se développa considérablement, ainsi que le pouvoir de son clergé, avec lequel les pharaons devaient compter. L'étendue et la richesse de son sanctuaire de Karnak témoignent de l'importance historique de ce « roi des dieux ».