Trois causes principales expliquent cette séparation : 1° le césaropapisme des empereurs d'Orient, qui isole l'Église grecque de la chrétienté occidentale ; 2° les efforts des patriarches de Constantinople pour faire de leur siège un pôle ecclésial ayant sur l'Orient une primauté égale à celle de Rome sur l'Occident ; 3° l'éloignement mutuel puis les divergences qui s'établissent progressivement entre les Grecs et les Latins dans les domaines canonique, liturgique, théologique et psychologique. La rupture entre les deux courants de la chrétienté s'est faite en deux phases : au IXe s., éclatent le schisme – assez bref (863-886) mais passionné – de Photios et l'affaire du Filioque, qui est une querelle moins de doctrine que de formulation, relative à la Trinité ; au XIe s. la séparation est irrévocable, avec les excommunications mutuelles du patriarche Michel Keroularios et du pape Léon IX. Par la suite, d'autres patriarcats d'Orient suivront Constantinople. Des tentatives de rapprochement (au concile de Lyon de 1274 et à celui de Ferrare et Florence en 1439) ne parviennent pas à désarmer une hostilité réciproque, qui ne cessera qu'en décembre 1965, lorsque le patriarche Athénagoras Ier et le pape Paul VI déclareront « abolie » la mémoire des anciens anathèmes.
