L'initiateur de ce mouvement fut Martin Luther ; sa doctrine se répandit dans les pays germaniques et scandinaves, où se constituèrent de puissantes Églises d'État. Deux autres foyers principaux apparurent avec Zwingli à Zurich et avec Bucer à Strasbourg. La Réforme se répandit dans les pays francophones avec Jean Calvin, qui implanta en France et en Suisse un autre style de protestantisme ; le calvinisme atteindra la Pologne, la Bohême, la Hongrie, les îles Britanniques, où, avec l'anglicanisme, le mouvement prendra une voie encore différente, moins éloignée du catholicisme. En marge de ces trois grands courants, qui se constituèrent en Églises organisées, se développèrent, dès le XVIe s. et surtout par la suite, depuis les anabaptistes jusqu'aux méthodistes, des courants parallèles généralement moins institutionnalisés et se présentant explicitement comme issus de la Réforme.
