C'est le pape Innocent III qui, en 1199, fit adopter cette procédure par les tribunaux ecclésiastiques aux prises avec le mouvement cathare. Dans le Midi, cette forme de répression fut d'abord l'affaire des tribunaux ordinaires, puis celle des Dominicains, auxquels la papauté laissa une indépendance presque totale. Au cours de ses tournées inquisitoriales dans les paroisses, l'instance judiciaire procédait à l'interrogatoire systématique de la population, encourageait la délation et soumettait les suspects à la torture (ou question). La sentence, généralement sévère, allait de la peine de mort (souvent sur le bûcher) à l'emprisonnement temporaire ou perpétuel. L'Inquisition réduisit ainsi, au XIII^e s., les cathares et les vaudois. Ses méthodes provoquèrent toutefois au XIV^e s. des troubles face auxquels la papauté dut intervenir en obligeant les inquisiteurs à collaborer avec les tribunaux ecclésiastiques ordinaires. L'Inquisition, qui se montra particulièrement active jusque dans l'Espagne du XVI^e s., a été officiellement supprimée au début du XVIII^e s., l'Église romaine gardant toujours néanmoins une instance chargée spécialement de dépister l'hérésie et de la dénoncer, le Saint-Office, créé en 1542 par Paul III.