Cette longue période de troubles fut l'aboutissement d'un état de tension dû aux progrès des idées de la Réforme et à leur répression systématique à partir du règne d'Henri II. Huit guerres confuses vont se succéder alors, qui ont pour motif autant l'ambition politique de grandes maisons (Guises, Bourbons) que le différend religieux proprement dit. C'est le massacre de protestants à Wassy (1562) qui déclencha la révolte armée des protestants. Les épisodes les plus marquants de cette longue suite de guerres furent le massacre de la Saint-Barthélemy (24 août 1572), l'assassinat du duc de Guise (1588) et celui d'Henri III (1589). Converti au catholicisme en 1593, Henri IV mit fin à ces guerres par la paix de Vervins et l'édit de Nantes (1598), instituant une tolérance religieuse (d'ailleurs mal acceptée par les catholiques) presque unique en Europe. Ces guerres civiles mettent en relief le manque de cohésion qui caractérise le royaume : l'esprit d'indépendance et d'insoumission des provinces, l'aptitude des grandes familles à se révolter contre l'autorité royale, l'appel des deux parties à l'intervention étrangère, considérée alors comme normale.
