Maître en théologie chez les Augustins, il rencontre Luther en 1519 ; mais, subissant l'influence des « prophètes de Zwickau », partisans d'une sorte d'illuminisme de la révélation intérieure, il devient l'un de ses principaux adversaires. Par sa prédication dans différents centres, Müntzer veut préparer le règne du Christ sous la forme d'une théocratie où le peuple sera libéré des tyrans et moyennant une double réforme sociale et religieuse. Devenu pasteur de la communauté anabaptiste de Mülhausen, il y prend la tête en 1525, avec Heinrich Pfeiffer, d'une révolte des paysans. Battu par les princes, il est exécuté aussitôt. Sa conception chrétienne et communiste de la société a fait l'objet de nombreuses études de philosophie politique, notamment de la part des marxistes.